吳于廑，原名吳保安，字沼越，祖籍安徽休寧，1913年4月27日生於江蘇省寶應縣，出身於店員家庭。童年及少年時期在寶應縣渡過，後來前往上海求學，由於家境貧困，中學教育時斷時續，最終以優異成績獲取了奬學金和公費，才可以完成學業。1931年高中畢業後，取得所在中學唯一的升學奬學金，得以進入蘇州的東吳大學歷史學系學習，四年後獲學士學位。抗日戰爭爆發前，於東吳大學附屬中學任教。因為受到戰爭影響，吳于廑在1939年輾轉來到雲南省的昆明市，與三十年代初因主張「全盤西化」而著稱的陳序經見面。當時陳序經擔任西南聯合大學法商學院院長，並兼任南開大學經濟研究所研究主任。陳序經對吳于廑十分賞識，推薦他進入經濟研究所，其間吳于廑主攻經濟史。1941年，他以特優成績考取了清華大學第五屆留美公費生，入讀哈佛大學文理科研究院，攻讀英國歷史，先後於1944年及1946年取得碩士與博士學位。留學哈佛期間，吳于廑與任華、周一良、楊聯陞三人交情甚篤，楊聯陞且與吳于廑時常寫詩相和。吳于廑回國前夕，楊聯陞贈詩一首，詩云「思能通貫學能副，話有風雷筆有神。同輩賢豪雖不少，如君才調恐無倫。」

1947年，吳于廑學成返國，獲聘成為武漢大學歷史學系教授。1949年新中國成立以後，吳于廑繼續在武漢大學任教，擔任歷史學系主任、世界史研究所所長，並肩負該校的行政工作，擔當副教務長、副校長等職位。此外，吳于廑亦出任多個公職，如中國歷史學會主席團成員、中國大百科全書總編輯委員會委員、國務院學位委員會學科評議組成員、武漢市社會科學聯合會顧問、湖北省委員會名譽主任委員、九三學社中央參議委員會常務委員、中國人民政治協商會議湖北省委員會副主席，以及武漢市、湖北省和全國人民代表大會代表等。1993年4月9日因病辭世，享年80歲。