第一、《漢書》中從高祖到武帝的敘述，多半襲用《史記》原文，後人對此頗有微言，認為不能自成一家。其實兩書有同有異，足以並行不悖，例如《史記》在〈高祖本紀〉之後，繼以〈呂后本紀〉；《漢書》於〈呂后紀〉之前，補〈惠帝紀〉。列傳中不同之處更多，可見《漢書》自有其權衡取捨，亦很注意文字的剪裁鎔鑄。

第二、《漢書》雖然斷代為史，但其表、志多有涉及兩漢以前的，不盡以兩漢為斷限，尤其是〈古今人表〉，只記古人，而無漢人，因而引起後人懷疑，認為自亂其例。其實班固用意，除敘述兩漢史事外，亦有部分是為補《史記》的不足而作的，例如《漢書》十志便是在《史記》八書的基礎上發展而成，衡以斷代，固失體例，而貫串史實，則有功勞。

當然，《漢書》也有它的弱點。首先是作者從維護東漢統治的立場出發，根據董仲舒天命論的觀點，極力宣傳五德循環、王權神授、天人感應等理論。特別是〈五行志〉，把春秋以來迷信荒謬的事連篇累牘記載下來，開後世五行符瑞等志的惡例。

還有，《漢書》喜用古字、古詞，也給讀者造成了一些困難。早在東漢末年，服虔、應劭已為《漢書》作注，唐代又出現顏師古的注本。清人王先謙集前人研究成果，作《漢書補注》，頗便參考；近人楊樹達著《漢書補注補正》及《漢書窺管》，對王氏之書有所補充。