梁啟超指出歷史研究重「說明事實之原因結果」，他說：「不談因果，則無量數繁賾變幻之史跡，不能尋出一系統，而整理之術窮；不談因果，則無以為鑒往知來之資，而史學之目的消滅。」這點與自然科學的研究方法相同，只因「宇宙之因果律，往往為複的非單的，為曲的而非直的，為隔的伏的而非連的顯的，故得其真也甚難。自然界之現象且有然，而歷史現象其尤甚也。」但是，他強調史學與自然科學所談的因果關係是不能同日而語的，解釋道：「歷史為人類心力所造成，而人類心力之動，乃極自由而不可萬物。心力既非物理的或數理的因果律所能完全支配。」由是，斷斷不能把自然科學的因果觀套在歷史學的身上，他有感「今必強懸此律以馭歷史，其道將有時而窮，故曰不可能；不可能而強應用之，將反失歷史之真相，故曰有害也。」

梁氏對於歷史學和自然科學這兩門學科作了一個詳細的比較說明，共有三點重要的區別：
一、自然科學是「常為反復的完成的」，歷史學則「常為一度的，不完成的」；
二、自然科學是「常為普遍的」，歷史學則是「常為個性的」；
三、自然科學是「為超時間空間的」，歷史學則是「恆以時間空間關係為主要基件」。

進一步來說，自然科學的特點在於在同一環境條件下，其必產生相同的結果，並有「萬人公認之純客觀的因果律」，諸如「二加二即四」抑或「水由氫氣和氧氣所組成」等定律，均不論在哪個年代和國家，其因果關係也不會改變。然而，相對歷史學而言，情況卻迴然不同。梁氏指出「每一段史跡，殆皆在前進之半途中，作若行若止之態，常將其未竟之緒之一部分貽諸方來，欲求如自然科學之截然表示一已完成之定形定態以供人研究者，殆不可得」。由是，「蓋歷史純為個性發揮之製造品，而個性直可謂之無一認同……歷史上只有一個文藝復興時代，更無絕對與彼相同之第二個時代；世界上只有一個中華民族，更無絕對與我相同之第二個民族。凡成為歷史事實之一單位者，無一不各有其個別之特性。」在這種情況下，歷史學家的任務就是「在此種極散漫極複雜的個性中而覷見其實體描出其總相，然後因果之推驗乃可得施」，他們必須釐清瀚浩繁複的史料，使讀者能一目了然，當然這亦關乎「作者頭腦明晰之程度何如，與其文章技術之運用何如也」。